公开资料显示，联邦制药自2003年开始将生产基地往中国内地转移，事实上，环保问题从联邦制药转移产区开始也不断出现。据公众信息研究中心公布的资料显示，2004年-2013年间，联邦制药在巴彦淖尔和成都的生产厂共有9次环境违规记录。
2005～2007年，前文所述的已经停产的四川彭州的生产基地就因为臭气、污水排放等环保问题被四川省环保局会同彭州市县环保局进行过多达数十次的执法，并先后7次正式发文指出其问题并提出整改要求，最后公司不得不增加数千万元环保投资，但是最终还是以停产终结的事实证明，联邦药业即使追加环保投资，依然未能达标，然而将彭州生产基地的产能转移到巴彦淖尔，如何能确保达标，联邦药业方面并没有给出明确的答案。
内蒙古工厂环保问题凸显
事实上，就巴彦淖尔生产基地本身而言，环保也是问题重重。南都记者获悉，联邦制药(内蒙古)有限公司，于2007年7月24日获批成立，注册资本5000万元人民币，主要业务为制造和销售医药中间体6-A PA，这是一种生产半合抗青霉素类抗生素氨苄钠和阿莫西林的重要原料药。内蒙古分公司的生产基地位于巴彦淖尔市临河区，目前已形成年产20000吨6-A PA的产能。在两年前就被华北督查中心查处过，根据当时的文件显示，联邦制药(内蒙古)有限公司有违法问题，比如违反《环评法》，新建沼气燃烧项目未进行环评影响评价等；违反《固废法》，废苯乙酸溶液未按危废进行管理等。
此外在2012年6月份，有媒体曾报道联邦制药、光大联丰和德源肥业水污染、空气污染问题，以及巴彦淖尔市污水处理厂超标排放的问题。尽管彼时巴彦淖尔市以及联邦制药均发布公告否认联邦制药与报道所污染情况有关，但此后不久的7-8月，其内蒙古生产基地在多个环节的污染处理上均存在问题被华北督查中心查处。在2013年1月，更被内蒙古西部环保督查中心查出该公司违反《固体废物污染环境防治法》中有关危险废物管理规定，从而罚款20万元。
有业内人士为联邦制药算了一笔账，加上彭州转移过来的产能，按联邦制药目前内蒙古基地24000吨6-APA的产能算，一次性环保投入就要5亿-6亿元，每年的维护成本也要1.8亿元左右。
而根据联邦制药2013年年报显示，该公司去年营业额为76.48亿港币，利润仅为4800多万港元，可挪用的余钱不多。此外，去年联邦制药集团中间体和原料药的销售超过40亿港元，超过总营收的一半，而生产中间体和原料药主要就在内蒙古生产基地，这里生产情况直接影响到整个联邦制药集团的业绩。
