（三）内部控制缺陷认定不当，重大、重要缺陷整改不及时
1、内部控制缺陷认定不当。其一，部分上市公司将报告期内发生的重大损失、违法违规事项等本应属于重大或重要缺陷的事项，在“其他内部控制相关重大事项说明”中披露，而未认定为内部控制缺陷；其二，部分公司内部控制缺陷认定标准执行不当，或将依据内部控制缺陷认定标准本应认定为重大或重要的缺陷认定为一般缺陷，或将财务报告相关缺陷认定为非财务报告缺陷，避重就轻的行为明显。
2、重大、重要缺陷整改不及时。截至报告基准日，有高达71.30%的内部控制重大、重要缺陷未能有效整改；截至报告发出日，仍有55.65%的内部控制重大、重要缺陷未能有效整改，内部控制缺陷的整改落实亟待进一步加强。
（四）内部控制审计质量有待提高
1、内部控制审计结论的严谨性有待提升。存在个别注册会计师将财务报告内部控制重大缺陷认定为非财务报告内部控制重大缺陷的情形，涉及募集资金管理、资产管理、关联交易等环节，极大地降低了内部控制审计报告的公信力。此外，不同会计师事务所对同一性质的事件发表的内部控制审计意见不一致，如对于上市公司存在内部控制审计范围豁免的，有的作为强调事项段披露，有的则作为标准无保留意见。
2、强调事项段披露有待进一步规范。注册会计师出具了带强调事项段的内部控制审计报告中，有14.86%的强调事项段披露的是非财务报告相关内部控制缺陷，涉及组织架构、人力资源、社会责任等环节，混淆了非财务报告内部控制缺陷描述与强调事项段内容；另有较多公司强调事项内容披露过于笼统，未明确强调事项中披露的重大事项产生原因、影响程度及整改情况等信息。
（五）内部控制信息披露监管规则有待进一步规范
1、中小板、创业板上市公司内部控制报告披露规则有待规范。在内部控制评价报告披露方面，有73.55%的中小板和创业板上市公司按照《公开发行证券的公司信息披露编报规则第21号——年度内部控制评价报告的一般规定》的要求披露内部控制评价报告，另有26.45%的上市公司依据《关于印发企业内部控制规范体系实施中相关问题解释第1号的通知》等其他规定披露内部控制评价报告；在内部控制审计报告披露方面，注册会计师依据《企业内部控制审计指引》和中国注册会计师执业准则为中小板、创业板上市公司出具内部控制审计报告的比例仅为8.98%，依据《中国注册会计师其他鉴证业务准则第3101号——历史财务信息审计或审阅以外的鉴证业务》出具内部控制鉴证报告的比例高达76.22%；另有14.80%的公司依据《内部控制审核指导意见》等出具了内部控制审核报告等其他格式的报告。
2、内部控制有效性认定标准有待统一。一是内部控制评价结论有效性认定的标准不一致。《公开发行证券的公司信息披露编报规则第21号——年度内部控制评价报告的一般规定》和《关于印发企业内部控制规范体系实施中相关问题解释第1号的通知》对以截止报告基准日是否存在未完成整改的重大缺陷还是以报告期内是否存在内部控制重大缺陷作为依据来判定内部控制有效性的标准不统一。二是内部控制审计意见类型存在显著差异。会计师事务所依据不同监管规定出具的内部控制审计意见存在重大不一致：《中国注册会计师其他鉴证业务准则第3101号—历史财务信息审计或审阅以外的鉴证业务》和《内部控制审核指导意见》允许注册会计师出具“保留意见”的内部控制审计报告，而《企业内部控制审计指引》中没有“保留意见”这一内部控制审计意见类型。
（六）资金活动、资产管理等关键环节内部控制管控亟待加强
对内部控制评价缺陷和内部控制审计发现的问题进行分析发现，高达45.08%的内部控制缺陷发生在资金活动、资产管理、销售业务、采购业务、合同管理等资金密集、资源富集的领域。其中，资金管控中，43.56%的内部控制缺陷发生在投资管理、应收账款管理、票据与印章管理环节；资产管控中，约44.52%的内部控制缺陷发生在存货管理环节。
